Meskipun versi beta dari alat modding resmi untuk S.T.A.L.K.E.R. 2: Heart of Chornobyltelah dirilis, pemain disarankan untuk sementara menghindari modifikasi tertentu. GSC Game World telah menerbitkan daftar add-on yang saat ini tidak kompatibel dengan Patch 1.5.
Seiring dengan catatan patch, studio tersebut mengeluarkan peringatan terpisah untuk pengguna mod. Menurut pemberitahuan tersebut, add-on kustom yang diinstal di folder "~mods", serta beberapa alat tidak resmi, dapat menyebabkan permainan menjadi rusak. Ini termasuk:
Setelah Patch 1.5, pemain juga sangat disarankan untuk tidak menggunakan file .ini yang telah diedit sebelumnya, menerapkan penyesuaian optimasi melalui perangkat lunak pihak ketiga, atau mengaktifkan konsol dalam permainan dan alat debugging. Jika terjadi masalah teknis, para pengembang merekomendasikan untuk menonaktifkan semua mod sepenuhnya.
Segera setelah pembaruan terbaru, salah satu pengembang di balik S.T.A.L.K.E.R. 2 merilis serangkaian mod ringan, menambahkan karakter seperti CJ dari GTA: San Andreas, Shrek, dan Thomas the Tank Engine ke dalam permainan. Sementara itu, pemain menemukan bahwa toolkit modding resmi berukuran lebih dari 600 GB. Detail kunci dari Patch 1.5 dapat ditemukan di sini.